Di perairan wilayah Samarinda, pesut mahakam sering naik ke permukaan sungai, menyemburkan air, salto, melambaikan ekor hingga berkejaran dengan yang lain sehingga menjadi tontonan gratis bagi masyarakat. Pada tahun 1976 Dinas Perikanan Kaltim melaporkan populasi pesut mahakam diperkirakan 1.500 s/di 2.000 ekor. Bukan hewan buas, pesut mahakam tidak mengganggu orang berenang atau tidak menyeruduk perahu nelayan yang melintas karenanya masyarakat menganggap pesut sebagai hewan keramat, tak boleh ditangkap, diburu, dibunuh, dan dimakan.
Namun hal tersebut tidak mampu menyelamatkan satwa langka itu dari ancaman kepunahan. Menurut hasil penelitian Yayasan Konservasi RASI, ancaman terbesar populasi pesut mahakam tahun 1970 an adalah alih fungsi hutan atau rawa yang mengakibatkan sedimentasi atau endapan di dasar sungai. Transportasi sungai Mahakam yang makin ramai oleh kapal2 bermesin serta lalu-lintas sungai yang makin sibuk juga menjadi ancaman serius. Pada tahun 2019 Indonesia.go.id melaporkan jumlah pesut mahakam tinggal 80 ekor, sebagian besar berada di Kaltim dan sebagian kecil di Kalbar. Kondisi yang menunjukan keseimbangan lingkungan yang makin mengkhawatirkan
